Los verdolagas estuvieron a punto de ser eliminados por el entonces llamado Itagüí en los cuadrangulares del Apertura 2013. Sin embargo, un agónico golazo les permitió seguir con vida en el grupo.
Santiago Escobar era el técnico de Atlético Nacional y hacía una excelente Copa Libertadores en primera ronda. Pero otra era la cara en la Liga de Colombia donde estaba fuera de los ocho. A pocos días de enfrentar los octavos de final del torneo continental, y luego de una derrota contra el Huila de local, fue despedido. La decisión sorprendió a muchos aunque al parecer la relación con varios jugadores no era la mejor.
La junta directiva designó a Norberto Peluffo como técnico interino, el santandereano enfrentó a Vélez Sarsfield y perdió en el Atanasio Girardot 0 – 1. Un día después se confirmó la llegada de Juan Carlos Osorio al banco paisa pero no asumiría formalmente hasta después del partido de vuelta en Copa Libertadores.
Atlético Nacional terminó siendo eliminado por el club argentino y Osorio dirigió los últimos tres partidos de la Liga. A pesar de obtener dos victorias y un empate ya nada era suficiente para meterse en los ocho primeros de la clasificación. Los antioqueños tuvieron que conformarse con ganar la Superliga contra el Junior lo que significó el primer título del nuevo técnico verdolaga.
Al siguiente semestre logró la Copa Colombia en una final ante el Deportivo Pasto. En la Liga entró a los cuadrangulares y estuvo a pocos minutos de llegar a la final. No lo consiguió por una agónica victoria de Medellín sobre Itagüí y el ‘poderoso’ fue líder del cuadrangular. Más allá de los dos títulos ganados existían muchas críticas hacía Osorio por parte del periodismo y un gran sector de la hinchada.
En el Apertura 2013, Nacional siempre estuvo dentro de los ocho pero sin convencer su fútbol. Tuvo un buen remate en el todos contra todos, terminó segundo por detrás de Santa Fe y compartiendo el Cuadrangular B con Itagüí, Deportes Tolima y Deportivo Pasto, esto lo ponía como favorito del grupo para alcanzar la final.
Las primeras cuatro fechas no fueron buenas para los de Juan Carlos Osorio. Perdieron contra Pasto de visitante y contra Itagüí de local. A Tolima lo derrotaron en Ibagué pero empataron en Medellín. A falta de dos jornadas Nacional solo tenía cuatro puntos y no se veía un equipo sólido.
Con este panorama llegaron los verdolagas a visitar a las Águilas de Itagüí. A los 3 minutos ya ganaban los visitantes con gol de John Fredy Pajoy. Así permaneció el partido hasta que Yonaider Ortega empató a falta de dos minutos para el final. Con este resultado Atlético Nacional quedaba eliminado y era inminente la no renovación del técnico risaraldense para el siguiente semestre.
En tiempo de reposición todo cambió con un golazo de Juan David Valencia. El lateral cobró un gran tiro libre que se coló a todo el ángulo de Julián Mesa. Las águilas no tuvieron tiempo de reaccionar y Osorio tenía un respiro más. En la última fecha Nacional debía derrotar a Pasto y esperar que Tolima no venciera en Ibagué a Itagüí. Y así ocurrió, victoria 2 – 1 de los verdes y derrota de los ‘Pijaos’ 0 – 1.
La final fue contra Santa Fe y Atlético Nacional alcanzó su título número doce. Ahí empezó verdaderamente el exitoso paso de Juan Carlos Osorio por el club paisa. En total consiguió seis títulos y es el técnico más ganador en la historia del equipo. Un día Osorio estuvo a pocos segundos de ser despedido y gracias a un tiro libre de Juan David Valencia contra las Águilas todo cambió.