El volante duró cerca de 10 años en el fútbol europeo en importantes ligas como la francesa, portuguesa e italiana. En algún momento se especuló con que podría vestirse de ‘merengue’, pero finalmente no se dio.
Nacido en Puerto Boyacá debutó como profesional en 2002 a los 16 años con el Atlético Huila. Luego lo fichó Envigado, tuvo un breve paso por Boca Juniors y en 2006 lo fichó el Saint-Étienne de Francia. También hizo parte de Selecciones Colombia Sub 17 y Sub 20, disputó los Mundiales de la categoría y se veía como un gran prospecto del fútbol colombiano.
Entre 2008 y comienzo de 2012 fue figura en el Porto donde compartió con Falcao García y James Rodríguez. Ganó 8 títulos con los ‘Dragones’, entre ellos una Europa League. En enero de 2012 lo fichó el Inter de Milán que pagó por él 11 millones de euros. La temporada 2012 – 2013 fue muy buena para Guarín al jugar 47 partidos, marcar 10 goles y dar 10 asistencias. En la siguiente también se reportó con 5 anotaciones y 7 ‘pasegoles’.
En el verano de 2014 surgió el rumor desde España que un representante de Fredy Guarín viajó hasta el país ibérico para acercar al futbolista al Real Madrid. Sin embargo, el club ya había hecho grandes inversiones en jugadores como: Keylor Navas, Toni Kroos y James Rodríguez. El Inter de Milán no había tenido buenas temporadas y no se vivía un buen ambiente con los hinchas.
Durante ese 2014 – 2015, Sami Khedira tuvo varios problemas físicos y Carlos Ancelotti habría pedido un volante. Una de las opciones era Guarín a comienzo de 2015, aunque nunca hubo nada concreto. El representante del colombiano, Marcelo Ferreyra, dijo en Calcio Mercato meses después: “El Madrid quería reforzar el centro del campo tras la lesión de Khedira, pero finalmente la rechazamos. Queríamos continuar en el Inter de Milán y creo que Freddy tomó la decisión correcta”.
Algunos no creyeron del todo la versión del representante y lo tomaron como una estrategia para elevar su imagen en el Inter de Milán. “Es cierto que Chelsea y Real Madrid lanzaron ofertas por él, pero ambas fueron rechazadas porque no existía un proyecto real detrás con ninguna de las dos entidades. Ambos conjuntos lo respetaron y ahora hay que ver los frutos de la decisión de Guarín”. El mediocampista estuvo con el Inter hasta 2016 y se marchó a la liga china.