Es el club colombiano con mayor éxito a nivel internacional. Los verdolagas han enfrentado a equipos de Uruguay por Copa Libertadores, Supercopa Sudamericana y Copa Sudamericana. El balance es favorable para el conjunto paisa.
Son un total de 20 enfrentamientos de los antioqueños contra equipos de Uruguay. Nacional cosecha 11 victorias, hubo 3 empates y perdió 6 veces. En territorio colombiano los verdolagas ganaron 7 partidos, igualaron 2 y perdieron un compromiso. En juegos disputados en Uruguay, los colombianos lograron ganar en 4 oportunidades, empataron una vez y perdieron 5 partidos. Los equipos que más ha enfrentado son: Peñarol (8), Nacional (6), Danubio (2) y Defensor Sporting (2).
Duelo más recordado
Fue por la semifinal de la Copa Libertadores en 1989. En Uruguay hubo empate sin goles y en Medellín una goleada 6 – 0 de Nacional. Anotaron ese día: Alexis García, Albeiro “Palomo” Usuriaga (x4) y Níver Arboleda. Los dirigidos por Francisco Maturana clasificaron a la final y luego ganaron el torneo.
Todos los partidos oficiales de Atlético Nacional vs Clubes Uruguayos
| Torneo / Año | Partidos |
| Copa Libertadores 1989(Semifinal) | Ida: Danubio 0 – 0 Atlético Nacional |
| Vuelta: Atlético Nacional 6 – 0 Danubio | |
| Supercopa Sudamericana 1989(Octavos de Final) | Ida: Nacional (URU) 2 – 1 Atlético Nacional |
| Vuelta: Atlético Nacional 2 – 0 Nacional (URU) | |
| Copa Libertadores 1995(Octavos de Final) | Ida: Atlético Nacional 3 – 1 Peñarol |
| Vuelta: Peñarol 1 – 3 Atlético Nacional | |
| Supercopa Sudamericana 1997(Fase de Grupos) | Peñarol 3 – 1 Atlético Nacional |
| Atlético Nacional 1 – 0 Peñarol | |
| Copa Sudamericana 2002(Semifinal) | Ida: Atlético Nacional 2 – 1 Nacional (URU) |
| Vuelta: Nacional (URU) 2 (3) – (5) 1 Atlético Nacional | |
| Copa Libertadores 2012(Fase de Grupos) | Peñarol 0 – 4 Atlético Nacional |
| Atlético Nacional 3 – 0 Peñarol | |
| Copa Libertadores 2014(Fase de Grupos) | Atlético Nacional 2 – 2 Nacional (URU) |
| Nacional (URU) 0 – 1 Atlético Nacional | |
| Copa Libertadores 2014(Cuartos de Final) | Ida: Atlético Nacional 0 – 2 Defensor Sporting |
| Vuelta: Defensor Sporting 1 – 0 Atlético Nacional | |
| Copa Libertadores 2016(Fase de Grupos) | Atlético Nacional 2 – 0 Peñarol |
| Peñarol 0 – 4 Atlético Nacional | |
| Copa Sudamericana 2020(Segunda Fase) | Ida: Atlético Nacional 1 – 1 River Plate |
| Vuelta: River Plate 3 – 1 Atlético Nacional | |
| Copa Libertadores 2021(Fase de Grupos) | Nacional (URU) vs Atlético Nacional |
| Atlético Nacional vs Nacional (URU) |