El club verdolaga ha disputado diez finales en torneos internacionales de las cuales ganó cinco. Estas incluyen Copa Libertadores, Intercontinental, Recopa Sudamericana, Interamericana, Merconorte y Sudamericana.
Copa Libertadores 1989
Bajo el mando de Francisco Maturana enfrentaron a Olimpia de Paraguay con recordados jugadores como: René Higuita, Luis ‘Coroncoro’ Perea, Andrés Escobar, Leonel Álvarez, Alexis García, John Jairo Tréllez, Albeiro ‘Palomo’ Usuriaga, entre otros. En el global empataron a dos goles y desde el punto penal Atlético Nacional se llevó el título.
Copa Intercontinental 1989
En Japón el Milán campeón de Europa de Arrigo Sacchi derrotó a los verdolagas con un solitario gol de Alberigo Evani en el último minuto del tiempo extra. Los italianos ta,bién tenían a: Paolo Maldini, Alessandro Costacurta, Franco Baresi, Roberto Donadoni, Frank Rijkaard, Carlo Ancelotti y Marco van Basten.
Recopa Sudamericana 1990
Fue el enfrentamiento entre el campeón de la Libertadores y el de la Supercopa Sudamericana de 1989. En el Orange Bowl de Miami, Boca Juniors venció 1 – 0 a Atlético Nacional con gol de Diego Latorre.
Copa Interamericana 1990
Pumas era el campeón de la Copa de Campeones Concacaf y jugó contra Atlético Nacional en una serie de ida y vuelta. En Medellín los locales ganaron 2 – 0 y en México los paisas golearon 1 – 4. ‘Bendito’ Fajardo, Oscar Galeano, Jaime Arango y Gustavo ‘Mísil’ Restrepo anotaron en los partidos.
Copa Libertadores 1995
Nacional venía de eliminar a River Plate y disputaba el título ante Gremio. En Porto Alegre los brasileros derrotaron 3 – 1 al equipo de Juan José Peláez. Víctor Marulanda (autogol), Jardel y Paulo Nunes dieron la ventaja, mientras que Juan Pablo Ángel descontó. En Medellín, Víctor Aristizábal ilusionó a los paisas pero Gremio se defendió bien y empató a falta de 5 minutos por lo que levantó la copa.
Copa Interamericana 1997
Gremio no quiso jugar este torneo y lo reemplazó Atlético Nacional al ser el subcampeón de la Libertadores. Solo hubo un partido en Costa Rica y los dirigidos por Norberto Peluffo le ganaron 3 – 2 a Deportivo Saprissa. Alex Comas, ‘Barrabás’ Gómez y ‘Carepa’ Gaviria hicieron los goles.
Copa Merconorte 1998
En la primera edición de este torneo dos clubes colombianos llegaron a la final. En la ida Nacional derrotó 3 – 1 al Deportivo Cali con anotaciones de Carlos Vásquez y Luis Carlos Perea. Con gol de Néider Morantes en el Pascual Guerrero los de ‘Barrabás’ Gómez sentenciaron la serie.
Copa Merconorte 2000
Gran clásico en la final del torneo ante Millonarios. Sin goles quedó el partido en Bogotá y con goles de Tressor Moreno y Víctor Aristizábal, Atlético Nacional ganó 2 – 1 en el Atanasio Girardot. El técnico de los antioqueños era Carlos Navarrete.
Copa Sudamericana 2002
Primera edición del certamen denominado “La otra mitad de la Gloria”. Alexis García dirigía a Nacional y se llevaron una goleada de locales 0 – 4 contra San Lorenzo. En Argentino hubo igualdad sin goles y ‘El Ciclón’ se llevó el título.
Copa Sudamericana 2014
La única cuenta pendiente de Juan Carlos Osorio con los verdolagas fue ganar un título internacional. En 2014 tuvo su mayor oportunidad al enfrentar al River Plate del ‘Muñeco’ Gallardo. En Medellín empataron a un gol y en El Monumental con dos goles de cabeza los ‘Millonarios’ levantaron la copa.