El club verdolaga ha disputado 13 finales en torneos internacionales de las cuales ganó siete. Se incluyen las Copas Libertadores, Intercontinental, Recopa Sudamericana, Interamericana, Merconorte y Sudamericana.
Copa Libertadores 1989
Bajo el mando de Francisco Maturana, enfrentaron a Olimpia de Paraguay con recordados jugadores como: René Higuita, Luis ‘Coroncoro’ Perea, Andrés Escobar, Leonel Álvarez, Alexis García, John Jairo Tréllez, Albeiro ‘Palomo’ Usuriaga, entre otros. En el global empataron a dos goles y desde el punto penal, Atlético Nacional se llevó el título.
Copa Intercontinental 1989
En Japón, el Milán campeón de Europa de Arrigo Sacchi derrotó a los verdolagas con un solitario gol de Alberigo Evani en el último minuto del tiempo extra. Los italianos también tenían a: Paolo Maldini, Alessandro Costacurta, Franco Baresi, Roberto Donadoni, Frank Rijkaard, Carlo Ancelotti y Marco van Basten.
Recopa Sudamericana 1990
Fue el enfrentamiento entre el campeón de la Copa Libertadores y el de la Supercopa Sudamericana de 1989. En el Orange Bowl de Miami, Boca Juniors venció 1-0 a Atlético Nacional con gol de Diego Latorre.
Copa Interamericana 1990
Pumas era el campeón de la Copa de Campeones Concacaf y jugó contra Atlético Nacional en una serie de ida y vuelta. En Medellín, los locales ganaron 2-0 y en México, los paisas golearon 1-4. ‘Bendito’ Fajardo, Oscar Galeano, Jaime Arango y Gustavo ‘Mísil’ Restrepo anotaron en los partidos.
Copa Libertadores 1995
Nacional venía de eliminar a River Plate y disputaba el título ante Gremio; en Porto Alegre los brasileros derrotaron 3-1 al equipo de Juan José Peláez. Víctor Marulanda (autogol), Jardel y Paulo Nunes dieron la ventaja, mientras que Juan Pablo Ángel descontó. En Medellín, Víctor Aristizábal ilusionó a los paisas, pero Gremio se defendió bien, empató a falta de 5 minutos y levantó la copa.
Copa Interamericana 1997
Gremio no quiso jugar este torneo y lo reemplazó Atlético Nacional al ser el subcampeón de la Copa Libertadores. Solo hubo un partido en Costa Rica y los dirigidos por Norberto Peluffo le ganaron 3-2 a Deportivo Saprissa; Alex Comas, ‘Barrabás’ Gómez y ‘Carepa’ Gaviria hicieron los goles.
Copa Merconorte 1998
En la primera edición de este torneo, dos clubes colombianos llegaron a la final. En la ida, Atlético Nacional derrotó 3-1 a Deportivo Cali con anotaciones de Carlos Vásquez y Luis Carlos Perea. En el Pascual Guerrero hubo goles de Néider Morantes y de ‘Barrabás’ Gómez para sentenciar la serie.
Copa Merconorte 2000
Gran clásico en la final del torneo ante Millonarios. El partido en Bogotá quedó sin goles y en el Atanasio Girardot, anotaron Tressor Moreno y Víctor Aristizábal; Atlético Nacional ganó 2-1. El técnico de los antioqueños era Carlos Navarrete.
Copa Sudamericana 2002
Fue la primera edición del certamen que pasó a ser el segundo más importante. Alexis García dirigía a Nacional y, en aquel encuentro, fueron goleados como locales 0-4 por San Lorenzo. En Argentina, hubo igualdad sin goles y el ‘ciclón’ se llevó el título.
Copa Sudamericana 2014
La única cuenta pendiente de Juan Carlos Osorio con los verdolagas fue ganar un título internacional. En 2014, tuvo su mayor oportunidad al enfrentar al River Plate de Marcelo Gallardo. En Medellín, empataron 1-1 y en Buenos Aires, cayeron 2-0 y los ‘Millonarios’ levantaron la copa.
Copa LibertADORES 2016
De la mano de Reinaldo Rueda, el pueblo ‘verdolaga’ alcanzó la gloria continental por segunda vez. El primer partido terminó 1-1 frente a un sorprendente Independiente del Valle, que dejó en el camino a pesos pesados; Orlando Berrío anotó para el verde y Arturo Mina, igualó sobre el final del compromiso. En el duelo definitivo, hubo un único gol, Miguel Ángel Borja sentenció el título desde el minuto 9 y el ‘verde paisa’ se consagró nuevamente.
Copa sudamericana 2016
La final que no se alcanzó a disputar por una tragedia. El verde de Medellín se debía enfrentar con el equipo brasilero Chapecoense, pero en el viaje de ellos a jugar el partido de ida en Colombia, su avión desapareció del radar y se accidentó. Casi la totalidad del plantel perdió la vida y, por supuesto, los partidos nunca se jugaron. Por solicitud de Atlético Nacional, Conmebol le otorgó el título de campeón al cuadro de Brasil.
RECOPA SUDAMERICANA 2017
Se encontró de frente con el club que entabló lazos de hermandad por una tragedia; Chapecoense, en calidad de campeón de la Copa Sudamericana y Nacional, de la Libertadores, definían al más poderoso del sur del continente. El duelo en Brasil terminó 2-1 a favor de los locales y con el descuento de Macnelly Torres, pero en Medellín, los verdolagas golearon 4-1 con los dobletes de Dayro Moreno y de Andrés Ibargüen y levantaron el trofeo.