El crack argentino ha enfrentado a la Tricolor desde la categoría Sub 20 y su balance es ampliamente favorable. ‘La Pulga’ le marcó tres veces a los ‘cafeteros’ aunque nunca ha podido hacerlo jugando de local.
Doce partidos ha jugado Messi ante la Selección Colombia con 5 triunfos, 5 empates y 2 derrotas Todo comenzó en el Sudamericano Sub 20 del 2005 en el Eje Cafetero, continuó en el Mundial de esa categoría y posteriormente a nivel de mayores en Copas América y Eliminatorias.
Enfrentamientos de Lionel Messi ante la Selección Colombia
| Torneo | Resultado |
| Sudamericano Sub 20 / 2005 (Fase de Grupos) | Colombia 1 – 1 Argentina |
| Sudamericano Sub 20 / 2005 (Fase Final) | Colombia 1 – 1 Argentina |
| Mundial Sub 20 / 2005 (Octavos de Final) | Argentina 2 – 1 Colombia |
| Copa América 2007 (Fase de Grupos) | Argentina 4 – 2 Colombia |
| Eliminatorias aSudáfrica 2010 | Colombia 2 – 1 Argentina Argentina 1 – 0 Colombia |
| Copa América 2011 (Fase de Grupos) | Argentina 0 – 0 Colombia |
| Eliminatorias aBrasil 2014 | Colombia 1 – 2 Argentina Argentina 0 – 0 Colombia |
| Copa América 2015 (Cuartos de Final) | Argentina 0 (5) – (4) 0 Colombia |
| Eliminatorias a Rusia 2018 | Argentina 3 – 0 Colombia |
| Copa América 2019 (Fase de Grupos) | Colombia 2 – 0 Argentina |
| Eliminatorias a Catar 2022 | Colombia vs Argentina Argentina vs Colombia |
Goles de Lionel Messi ante Colombia
Argentina 2 – 1 Colombia (Mundial Sub 20 – 2005)
Octavos de final en la Copa del Mundo de Holanda y los de Eduardo Lara se fueron arriba con anotación de Harrison Otálvaro. Sin embargo, empató Lionel Messi tras jugada individual y en el último minuto Julio Barroso le dio el triunfo a la albiceleste. Argentina terminaría siendo el campeón.
Colombia 2 – 1 Argentina (Eliminatorias a Sudáfrica 2010)
Messi marcó el primero en El Campín luego de que Riquelme cobró a riesgo un tiro libre, pero en la segunda parte Rubén Darío Bustos y Dayro Moreno le dieron el triunfo al equipo dirigido por Dayro Moreno.
Colombia 1 – 2 Argentina (Eliminatorias a Brasil 2014)
Último partido dirigido por Leonel Álvarez antes de la llegada de José Pékerman. Dorlan Pabón puso la ventaja en El Metropolitano y la remontada llegó gracias a Messi y el ‘Kun’ Agüero.
Argentina 3 – 0 Colombia (Eliminatorias a Rusia 2018)
Fecha número 12 y la albiceleste llegaba fuera de la zona de clasificación y tras perder con Brasil 3 – 0. Colombia también estaba en un bajón por lo que era un partido importantes. Lionel Messi antes de los 10 minutos anotó de tiro libre y abrió el camino para la victoria argentina.